bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

http://www.cbm.csic.es/bioweb

 

Dr. Jesús Mendieta Gómez.
(Badajoz -Spain-. 1958)
Teacher UAM / Profesor UAM.
Teacher UFV / Profesor UFV.

Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa".
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain.
Tel: (+34) 91-196-4662   Fax: (+34) 91-196-4420
e-mail: jmendieta@cbm.csic.es
URL: http://www.cbm.csic.es/bioweb

Academic degrees / Títulos académicos
    1980. B.Sc. Biological Sciences / Diplomado en Ciencias Biológicas. (Universidad de Alcalá de Henares).
    1982. M. Sc. Biochemistry and Molecular Biology / Licenciado en Ciencias Biológicas (Universidad de Alcalá de Henares).
    1990. Ph.D. Biochemistry / Doctor en Bioquímica. (Universidad de Alcalá de Henares).
Career / Trayectoria profesional.
    1980. Under graduate student / Estudiante de licenciatura. Dpt. Ciencias Biológicas. (Universidad de Alcalá de Henares).
    1982. Ph.D. student / estudiante de doctorado. Dpt. Ciencias Biológicas. (Universidad de Alcalá de Henares).
    1984. Biochemistry Teacher / Profesor de Bioquímica. Colegio Universitario "Luis Vives" (C.E.U.) Madrid.
    1989. Lecturer / Profesor Asociado. Universidad de Alcalá de Henares.
    1990. Post-doctoral. Biochemistry Department. Chemical Center. University of Lund (Sweden).
    1992. Post-doctoral. Joint Research Centre - European Commission . Geel (Belgique)
    1995. Lecturer / Profesor Contratado. Universidad de Barcelona.
    1999. Scientist / Investigador Contratado. Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" CSIC-UAM. Madrid.
    2008. Torres-Quevedo Contract - Ministry of Science and Innovation / Contrato Torres-Quevedo del Ministerio de Ciencia e Innovación.
Participation in research projects / Participación en proyectos de investigación.
  • "Aplicación de los sistemas bifásicos dextrano polietilenglicol al fraccionamiento y estudio bioquímico de la serie eritrocitaria" CAICYT - BT 48/85. 1986-1988. (Principal Inv: José Luque Cabrera).
  • "Caracteristicas bioquímicas de proteinas enzimaticas y de membrana de células eritrocitarias a lo largo de la diferenciación." FIS - 87/1479. 1987-1988. (Principal Inv: José Luque Cabrera).
  • "Caracteristicas bioqímicas de proteinas enzimaticas y de membrana de células eritrocitarias a lo largo de la eritropoyesis." FIS - 88/1034. 1988-1989. (Principal Inv: José Luque Cabrera).
  • "Sistemas bifásicos para el aislamiento de células y enzimas. Ensayo de nuevos polímeros, desarrollo de sistemas bifásicos de afinidad y aplicación a muestras patológicas." CICYT - Proyecto BIO-88/0649. 1989-1990. (Principal Inv: José Luque Cabrera).
  • "Interacciones de iones metálicos con macromoléculas de interés bioquímico y ambiental." DGICYT - PB 93/1055. 1995-1997. (Principal Inv: Miguel Esteban Cortada).
  • "Los nucleotidos de Guanina como agentes neuroprotectores: Mecanismos de acción, Establecimiento de modelos de ensayo de propiedades anti-excitoxicas. Diseño Molecular y Sintesis de analogos estructurales con posible uso terapeutico. " DGICYT - SAF 99-0054. 1998-2002(Principal Inv: Galo Ramírez Ortiz).
  • "El papel del factor angiogénico timidina fosforilasa /PD-ECGF en la quimioterapia del cáncer: una aproximación química y teórica a la búsqueda de inhibidores basada en el estado de transición de la reacción enzimática. " CAM - 08-1/0039-2/2000. 2000-2002. (Principal Inv: Federico Gago Badenas).
  • "Diseño síntesis y ensayo biológico de antagonistas de glutamato con analogía estructural con los nucleótidos de guanina " DGICYT - SAF 2003-01721. 2003-2006. (Principal Inv: Galo Ramírez Ortiz).
  • "BIOSINCEL. Synthetic biology of cellular division: reconstruction of the bacterial division proto-ring". CSIC: Proyectos Intramurales de Frontera 2006. Ref: 200620F0022. (Coord: Miguel Vicente, CNB-CSIC; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • "COMBACT-CM. New targets to combat pathogenic bacteria" CAM - S-BIO-0260-2006. 2007-2011. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas. Coord: Miguel Vicente - CNB).
  • 2009-2012. "DIVINOCELL. Exploiting Gram-negative cell division targets in the test tube to obtain antimicrobial compounds". FP7 collaborative project FP7-HEALTH-F3-2009-223431. (Biomol-Informatics).
  • 2011-2014. "DIGEN-1K: Experimental development of a Genetic Diagnostics Method using Next Generation Sequencing". Plan Nacional I+D+I Ref.: INNPACTO IPT-2011-0964-900000. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
Participation in R&D contracts / Participación en contratos de I+D. Publications / Publicaciones (PubMed)
(A: article/artículo; C: book chapter/capítulo de libro)

 2017:
 
(A).-
Marcos-Alcalde, I., Mendieta-Moreno, J.I., Puisac, B., Gil-Rodríguez, M.C., Hernández-Marcos, M., Soler-Polo, D., Ramos, F.J., Ortega, J., Pié, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2017). Two-step ATP-driven opening of cohesin head. Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]

 2016:
 
(A).-
Mendieta-Moreno, J., Trabada, D., Mendieta, J., Lewis, J., Gómez-Puertas, P. & Ortega, J. (2016). Quantum Mechanics / Molecular Mechanics Free Energy Maps and Nonadiabatic Simulations for a Photochemical Reaction in DNA: Cyclobutane Thymine Dimer. Journal of Physical Chemistry Letters 7, 4391–4397.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.6b02168]

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Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I., Trabada, D.G., Gómez-Puertas, P., Ortega, J. & Mendieta, J. (2015). A practical Quantum Mechanics Molecular Mechanics method for the dynamical study of reactions in biomolecules. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology 100, 67-88.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/bs.apcsb.2015.06.003]

 2014:
 
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Mendieta-Moreno, J.I., Walker, R., Lewis, J., *Gómez-Puertas, P., ^Mendieta, J. & *^Ortega, J. (*Corresponding authors; ^Co-last authors) (2014). FIREBALL/AMBER: An efficient local-orbital DFT QM/MM method for biomolecular systems. Journal of Chemical Theory and Computation 10, 2185–2193.  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1021/ct500033w]
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Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., López-Viñas, E., *Gómez-Puertas, P. & *Mendieta, J. (* Co-last authors) (2012). The Role of Gln(61) in HRas GTP Hydrolysis: A Quantum Mechanics/Molecular Mechanics Study. Biophysical Journal 102, 152-157.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [Supp. video. AVI]  [Supp. video. AVI -HD-]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.4005

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Meetings / Congresos

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  • J. Mendieta y A. Herraez. Tratamiento teórico de la influencia de la unión inespecífica en la fijación de un ligando a su receptor específico.. XIII Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica (SEB). Zaragoza. 1986.
  • J. Mendieta, A. Herraez, P. Sancho y J. Luque. Receptores para transferrina durante la maduración del reticulocito de rata. III Congreso Luso-Español de Bioquímica. Santiago de Compostela. 1988.
  • A. Herráez, J. Mendieta and J. Luque. Fractionation of Rat Erythoid Cell Populations Using Wheat Germ Lectin Affinity Chromatography. 10th International Lectin Conference. Prague. 1988.
  • P. Sancho y J. Mendieta. Variaciones en la unión a transferrina por las células de medula ósea. XVI Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica (SEB). Alicante. 1989.
  • C. Delgado, J. Mendieta, A. Herráez and J. Luque. Transferrin covalently linked to monomethoxypoly (ethylene glycol) as a possible ligand for affinity cell partitioning. 6th International Conference on Partitioning in Aqueous two-Phase systems. Assmannshausen/Rhein. 1989.
  • A.I. Garcia-Pérez, J. Mendieta, P. Sancho y J. Luque. Fraccionamiento en sistemas bifásicos de células de medula ósea en función de las propiedades hidrofobicas de la superficie celular. XVI Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica (SEB). Oviedo. 1990.
  • J. Mendieta and G. Johansson. Affinity-Mediated Modifications of Electrical Charge on a Cell Surface: A new Approach to the Affinity Partitioning of Biological Particles. 7th International Conference on Partitioning in Aqueous two-Phase systems. New Orleans. 1991.
  • C. Delgado, D. Fisher, G.E. Francis, J. Luque, J. Mendieta and P. Sancho. Affinity Cell Partitioning: Lower limit for receptor (antigen sites) expression and strategies for the straction of low abundance cells. 7th International Conference on Partitioning in Aqueous two-Phase systems. New Orleans. 1991.
  • J. Mendieta, J. Chivot, A. Muñoz and A.R. Rodriguez. Electrochemical Behaviour of Metallothioneins and Related Molecules. Complexing Properties of the Peptidic Fragment [56-61] MT I with Cadmiun and Zinc. Euroanalysis VIII. Edinburgh. 1993.
  • C. Ruiz, J. Mendieta, and A.R. Rodríguez. Electrochemical Behaviour of Cd, Zn Thioneines. 5th European Conference on ElectroAnalysis ESEAC'94. Jesolo Lido, Venice. 1994.
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  • Mendieta, J.; Díaz-Cruz, M.S.; Tauler, R.; Esteban, M. Multivariate Curve Resolution. A possible Tool in the Detection of Transient Structures in Protein Folding. FEBS'96: 24th Meeting of the Federation of the European Biochemical Societies. Barcelona. 1996.
  • J. Mendieta, E. MªPriego, Mª J. Pérez-Pérez, Mª J. Camarasa y F. Gago. Timidina Fosforilasa: Un blanco para el diseño de nuevos fármacos anti-angiogenicos. XII Congreso de la Sociedad Española de Química Terapéutica (SEQT). Sevilla. 2001.
  • J. Mendieta, G. RAmirez y F. Gago. Simulaciones de Mecánica Molecular de los cambios conformacionales del receptor de Glutamato en presencia y ausencia de Agonistas. XXIV Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica (SEB). Valencia. 2001.
  • E. López-Viñas, J. Mendieta & P. Gómez-Puertas. Structural and Functional Bioinformatic Model for Inhibition of Human Carnitine-palmitoyltransferase 1. 32nd FEBS Congress: Molecular Machines. Wien (Austria). 2007.
  • J. Mendieta, E. López-Viñas & P. Gómez-Puertas. Molecular Dynamics Simulations of Bacterial FtsZ Polymerization. 32nd FEBS Congress: Molecular Machines. Wien (Austria). 2007.
  • E. López-Viñas, J. Mendieta, D. Serra, G. Asins, F.G. Hegardt & P. Gómez-Puertas. Modelo Bioinformático Estructural y Funcional de la Inhibición de la Carnitina-palmitoiltransferasa 1 Humana. 1st International Symposium CIBERobn. Santiago de Compostela. 2007.
  • Mendieta, J., López-Viñas, E. & Gómez-Puertas, P. (2008). Molecular Dynamics Simulations of Bacterial FtsZ Polymerization. VIII Jornadas de Bioinformática. Valencia.
  • López-Viñas, E., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2008). Structural and Functional Bioinformatic Model for Inhibition of Human Carnitine-palmitoyltransferase 1. VIII Jornadas de Bioinformática. Valencia.
  • Martín-García, F., Rico, AI., López-Viñas, E., Vicente, M., Mingorance, J., Gómez-Puertas, P. & Mendieta, J. (2009). Molecular Dynamics Simulations of Bacterial FtsZ Polymerization. Frontiers of Prokaryotic Cell Biology. EMBO workshop. Oxford (UK)
  • Martín-García, F., Mendieta-Moreno, JI., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2010). Molecular Dynamics analysis of the conformational change of Paramyxovirus F protein in the initial steps of membrane fusion. IV Spanish-Portuguese Biophysical Congress. Zaragoza (Spain).
  • Martín-García, F., Gómez-Puertas, P & Mendieta, J. (2010). The role of Gln61 in ras p21 GTP hydrolysis: a QM/MM study. IV Spanish-Portuguese Biophysical Congress. Zaragoza (Spain).
  • 8th European Biophysics Congres. 2011 Budapest (Hungary).
  • XIth Spanish Simposium on Bioinformatics (JBI2012). 2012. Barcelona (Spain).
  • Martín-García, F., Salvarelli, E., Mendieta-Moreno, JI., Vicente, M., Mingorance, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2012). Molecular dynamics simulation of GTPase activity in polymers of the cell division protein FtsZ. EMBO workshop "Reconstructing the essential bacterial cell cycle machinery". La Granja - Segovia (Spain).
  • (Invited / Invitado) Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2013). Use of a new quantum mechanics/molecular mechanics (QM/MM) approach to the study of biological enzymes (GTPases and ATPases). EU COST action "CODECS 2013 WORKSHOP - COnvergent Distributed Environment for Computational Spectroscopy" 2013. El Escorial. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Meeting of Computational Biology Groups at the Autonomous University of Madrid. COMP-BIOL @ UAM 2013. Cantoblanco, Madrid (Spain).
TEACHING / DOCENCIA

Thesis direction / Dirección de tesis doctorales:
  • "Aplicación de las técnicas electroquímicas y quimiométricas al estudio de la complejación de péptidos de elevado contenido de azufre". J. María Silvia Díaz-Cruz. Cum laude. Universitat de Barcelona. 2001.
  • Fernando Martín García. "Análisis mediante Dinámica Molecular y Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular de la Reacciones de Hidrólisis en Proteínas NTPasas."/ "Molecular Dynamics and Quantum Mechanics / Molecular Mechanics Analysis of Hydrolysis Reactions in NTPase Proteins." Cum laude. Universidad Autónoma de Madrid. 2013.
  • Íñigo Marcos Alcalde. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas implicadas en segregación cromosómica." / "Molecular Dynamics of the enzymatic mechanism of GTPases involved in chromosome segregation." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
Master Diploma:
  • Fernando Martín García. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2010.
  • Íñigo Marcos Alcalde. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2011.
Undergraduate courses / Asignaturas de licenciatura:
  • Biochemistry / Bioquímica. Colegio Universitario "Luis Vives" (C.E.U.) Madrid (1984-1988).
  • Biochemistry and Molecular Farmacology / Bioquímica y Farmacología Molecular. Universidad de Alcalá de Henares (1989-1990).
  • Biochemistry / Bioquímica. Universidad de Barcelona (1995-1998).
  • Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2006-2007). http://novacripta.cbm.uam.es/bioweb/courses/UFV0607
  • Química e Ingeniería de Proteínas. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2007-2008).
  • Química e Ingeniería de Proteínas. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2008-2009).
  • Química e Ingeniería de Proteínas. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2009-2010).
  • Química e Ingeniería de Proteínas. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2010-2011).
  • Química e Ingeniería de Proteínas. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2011-2012).
Collaboration in specialization courses / Colaboración en cursos de especialización:
BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.csic.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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