bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

http://www.cbm.csic.es/bioweb

 

Silvia Lusa Bernal.
(Madrid -Spain-. 1971)
Investigadora Biomol-Informatics / CBMSO.

Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa".
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain.
Tel: (+34) 91-196-4662   Fax: (+34) 91-196-4420
e-mail: lusa@cbm.uam.es
e-mail: lusa@biomol-informatics.com
URL: http://www.cbm.csic.es/bioweb

Academic degrees / Títulos académicos
    1992. B.Sc. in Biology / Diplomada en Biología (Universidad Complutense de Madrid).
    1995. M. Sc. in Biology / Licenciada en Biología (Universidad Complutense de Madrid).
Career / Trayectoria profesional.
    2000-2001. Verticalia. Desarrollo web y mantenimiento de portales verticales b2b.
    2001. CSIC-RJB. Departamento de Micología: Proyecto “Flora Micológica Ibérica”
    2002. ARES (consultoría y servicios informáticos). Programación web: mysql, php, javascript y html/dhtm.
    2002. INDRA para e-NETFINGER. Desarrollo Web www.Globalshot.com y de herramientas para manejo de contenidos
    2002-2003. SDT (Spatial Data Technology). Desarrollo web. Proyecto OGOS.
    2002-2006. Proyecto ANTHOS. Sistema de información sobre las plantas de España. RJB (CSIC)-Fundación Biodiversidad).
    2005-2006. Proyecto Flora Ibérica-Real Jardín Botánico. Desarrollo de aplicación para manejo de claves botánicas.
    2007. Proyecto Phyteia-Sistema de Información de la Flora Protegida y Amenazada de España. RJB (CSIC)-Fundación Biodiversidad.
    2003-2011. Unidad de coordinación GBIF.es (Global Biodiversity Information Facility). RJB-CSIC. Administradora TIC.
    2011- Bioinformatics - Genomics Research & Services. Molecular Modelling Group / Biomol-Informatics. Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa"
PUBLICATIONS / PUBLICACIONES
A: article/artículo; S: symposium/simposio

3(A).-
Gil-Rodríguez, M.C., ... , Marcos-Alcalde, I., Wesselink, J-J., Lusa-Bernal, S., ... , Gómez-Puertas, P., ..., & Pié, J. (2015). De novo Heterozygous Mutations in SMC3 Cause a Range of Cornelia De Lange Syndrome-Overlapping Phenotypes. Human Mutation 36, 454-462.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1002/humu.22761]
2(A).-
Wesselink, J.J., López-Camacho, E., De la Peña, S., Ramos-Ruiz, R., Ruiz-Carrascoso, G., Lusa-Bernal, S., Fernández-Soria, V., Gómez-Gil, R., *Gómez-Puertas, P. & *Mingorance, J. (* Corresponding authors). (2012). Genome sequence of OXA-48 carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae KpO3210. Journal of Bacteriology 194, 6981.  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1128/JB.01897-12]
1(S).-
Wesselink, Jan-Jaap., Lusa, S., de la Peña, S. & Gómez-Puertas, P. (2012). DIGEN-1K. Experimental development of a System for Genetic Diagnostics and Pathogen Identification throughout Genomic Sequencing (NGS). XI Jornadas de Bioinformática. Barcelona.

Professional experience /Experiencia profesional. 2003-2011.
  • Unidad de coordinación GBIF.es (Global Biodiversity Information Facility). RJB-CSIC. Administradora TIC.
    • Servidores, Bases de datos, Comunicaciones. Diseño, implementación y administración de infraestructura de datos de biodiversidad. Administración y mantenimiento de red local y aula informática. Desarrollo aplicaciones y desarrrollo web. . Colaboración en diversos proyectos Internacionales de bioinformática para la biodiversidad. Impartición de charlas, talleres. Documentación. Soporte técnico a instituciones proveedoras de datos (universidades, museos de ciencias, jardines botánicos, áreas de medio ambiente de gobiernos autónomos, locales y nacional)(http://www.gbif.es/Participantes.php )
  • Administración y mantenimiento de la red local del la Unidad de Coordinación de GBIF.
    • Gestión de usuarios y permisos. Sistema de copias de seguridad (remoto y local). Microinformática. Servidores de dominio Windows 2003, Servidor de correo Exchange (buzones, listas de distribución, plataforma correo web OWA), Servidor de Documentos. Mantenimiento y actualización del hardware (impresoras red, adsl, wireless) y software. Coordinación con el departamento de informática del RJB tanto para la compra de material como para el funcionamiento paralelo de la red interna (gestión Ips, migraciones de red, conectividad, cortafuegos institucional, etc.).
  • Administración y mantenimiento red local y equipos del aula informática del RJB.
    • Servidor de dominio Windows 2003, 22 equipos, hardware multimedia así como soporte técnico durante los talleres impartidos allí (hasta 06/2008)
  • Administración y mantenimiento de servidores de desarrollo y de producción.
    • S.O Windows 2000, 2003, 2008, Scientific Linux
  • Instalación y mantenimiento de servicios.
    • Servicios ftp y ftp seguros ( 84 cuentas de usuarios). Servidores web apache y de aplicaciones tomcat. Servidores de bases de datos Mysql, PostgreSQL, db2-IBM
  • Instalación, mantenimiento de aplicaciones web, portales de datos, wikis, etc.
  • Diseño, implementación, mantenimiento y administración de la Infraestructura de datos e imágenes de biodiversidad de GBIF.es
    • Arquitectura, protocolos, estándares, Servicios para proveedores nacionales de datos de biodiversidad, Portales de datos e integración y coordinación con redes de biodiversidad internacionales. Establecimiento de protocolos de uso para los proveedores, documentación. Diseño de ampliaciones hardware y software adaptadas para soportar escalabilidad. Migraciones de estándares y protocolos (versiones) así como creación de sistemas compatibles de los mismos.
      • Servicios de Alojamiento y Publicación de datos de especímenes, observaciones, especies y metadatos (servidores de datos, protocolos DIGIR Y TAPIR, estándares DarwinCore, PlinianCore, etc ). Servicio a 54 instituciones, 141 bases de datos, 6.400.384 registros
      • Servicio de Alojamiento y Publicación de imágenes digitales (servidor de imágenes alta resolución, protocolo IIP, 18000 imágenes TIFF piramidal)
      • Portales de datos de especímenes, especies e imágenes
  • Coordinación con el Centro Técnico de Informática del CSIC
    • Coordinación políticas de seguridad, sistema de cortafuegos perimetral, gestión de nombres de dominio y subdominio así como comunicaciones informáticas en general.
  • Soporte usuarios-instituciones (http://www.gbif.es/Participantes.php) en:
    • Usuarios Aplicación Herbar para informatización y gestión de colecciones botánicas (2003-2005)
    • Migraciones de estructuras y estándares de datos a instituciones y proyectos
    • Servicios de alojamiento de datos e imágenes digitales (procesos de altas, actualizaciones, etc; número de incidencias 2010:696)
    • Instalación de software para conexión a la red distribuida de GBIF: servidores de datos Digir y Tapir
    • Soporte a desarrolladores de las instituciones para api's servidor de imágenes
    • Comunicaciones en general (departamentos de informática de instituciones, empresas externas , etc) incidencias TIC (1300 incidencias 2010)
  • Colaboración y coordinación informática con el secretariado Internacional de GBIF.
    • Comunicaciones servidores de datos, procesos de indexación y actualizaciones de datos y metadatos para eportal internacional de GBIF http://data.gbif.org
    • Mantenimiento del mirror del servidor de nombres DNS del S.I
    • Instalación, configuración y mantenimiento de actualizaciones y balance de cargas del mirror español del portal de datos internacional http://es.mirror.gbif.org (216.907.036 registros)
    • Proceso de testing y evaluación de herramientas informáticas: HIT-Harvesting and Indexing Toolkit, IPT (Integrated Publishing Toolkit)
  • Desarrollo.
    • Visual Basic (Aplicación herbar: Análisis, desarrollo, documentación) (2003-2005)
    • Desarrollo php (www.gbif.es)
    • Desarrollo java J2EE , jsp, xml (www.gbif.es/datos)
  • Gestión compras hardware.
    • Servidores, equipos red local y red del aula informática. Interacción con diversas empresas externas (DELL,HP & diversos partners) así como gestión de compras software licenciado.
  • Sesiones de trabajo y colaboraciones.
    • Con gestores medioambientales y técnicos informáticos del ministerio de medio ambiente así como de diversas juntas locales de medio ambiente (Cabildo Gran Canaria, banco de datos de cataluña, banco de datos de valencia, etc).
  • Asesoramiento técnico. Para propuestas y documentos de distintos proyectos (Red cyted, proyecto de colaboración InBIO-GBIF.es, etc)
Teaching / Docencia
  • Talleres de bioinformática para la biodiversidad impartidos. Ponente.
    • Taller para usuarios avanzados de HERBAR (aplicación para manejo de colecciones de historia natural) (Madrid, Sep 2005)
    • Taller de iniciación a la aplicación HERBAR (Madrid, Nov 2005)
    • WORKSHOP Dados da rede GBIF: o protocolo DiGIR.- Nov 2006. Jardín Botánico de Lisboa.
    • Taller sobre los protocolos de intercambio de datos en la red de GBIF: DiGIR/TAPIR (Madrid, May 2007)
    • Taller de iniciación al programa HERBAR ver. 3.5b. (Madrid, May 2007)
    • I Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad. (Madrid, Dic 2007)
    • Taller sobre "Provisión de datos a GBIF (Protocolos, Estándares, Arquitecturas)" en el marco del SIB Colombia - Bogotá, Mayo 2008.
    • II Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad –“El proceso de publicación de imágenes digitales en internet”, Madrid, Abril 2008
    • III Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad.(Madrid, Octubre 2009)
    • IV Taller sobre imágenes digitales para estudios de biodiversidad.(Madrid, Octubre 2010)
  • Charlas impartidas.
    • “Infraestructura de datos GBIF.es”. Reunión del proyecto "Spanish and Portuguese Platform for Botanical Biodiversity Data Online" - Madrid, Dic 2004.
    • Conferencia sobre la reunión anual 2006 del TDWG – Madrid, Dic 2006
    • “Catálogo de colecciones de historia natural. GBIF.ES”. Santo Domingo de Heredia, Costa Rica. Mayo 2007
    • "Publicación de datos e imágenes en GBIF.es". Primera Asamblea de participantes de GBIF España, 25 abril 2008,
Participation in international projects / Participación en proyectos internacionales
  • Spanish and Portuguese Platform for Botanical Biodiversity Data Online (2003-2004)
  • Proyecto de Mentoring entre Portugal y España. 2006. Capacitación técnica para la puesta en marcha de un Nodo Nacional de GBIF en Portugal Cuba. Colaboración con Herbarios del Jardín Botánico, Academia de las Ciencias y El Jadín de los Helechos de la Habana Cuba. Adaptación de bases de datos y publicación de datos, metadatos e imágenes digitales de alta calidad, 2005 y 2010
  • Mentorado con Colombia (junto con nodo GBIF Holandés y SIB Colombia) 2008. Capacitación técnica para la puesta en marcha de un Nodo Nacional.
  • Mentorado con Andorra. 2010 (junto con Instituto de Estudios andorrano, Universidad de Barcelona)
  • Proyecto europeo Species 2000 (Inclusión de bases de datos taxonómicas del RJB)2007
  • REMIB-Conabio. Red Mundial de Información sobre biodiversidad.-Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad. Mexico
  • Biological Collection Access Services.Implementación plataforma española NoDIT para el nodo español de Biocase en el MNCN. 2003
  • Distributed Helpdesk System (IPT-Integrated Publishing Toolkit)
Participation in international meetings / Participación en reuniones internacionales
  • Reunión TDWG (Biodiversity Information Standards) Lisboa-Portugal 2003
  • Reunión TDWG. Bratislava-Eslovaquia 2005
  • Taller Iberoamericano de información sobre biodiversidad con énfasis en colecciones biológicas + I Reunión CYTED. Bogotá, Colombia, Diciembre 2006
  • I Simposio colombiano de informática de la biodiversidad. Santa Marta, Colombia, Diciembre 2006.
  • Reunión TDWT. San Louis-USA 2006
  • III Reunión de la Red CYTED para la Conservación e Informatización de Colecciones Biológicas en Iberoamérica, octubre de 2007, Santo Domingo de Heredia, Costa Rica. Mayo 2007
  • XXXIII Conferencia Latinoamericana de Informática- CLEI. Informática para la Biodiversidad-INBI. San José, Costa Rica, Octubre 2007
  • Reunión TDWG. Perth-Australia 2008
  • Reunión TDWG. Montpellier-Francia 2009
Courses / Cursos
  • Curso de Análisis estadístico para datos NGS (Next Generation Sequencing). CREAL (Centro de Investigación en epidemiología ambiental). 27-28 Octubre 2011. Barcelona.
  • IPT Helpdesk Experts Training Workshop. Secretariado internacional GBIF. 25 horas. Copenhague, Dinamarca. Septiembre 2009
  • Georeferencing workshop III. Unidad de Coordinación de GBIF- Museo de Zoología Universidad de Berkley-California. 25 horas. Mayo 2008
  • Taller sobre informatización de Colecciones Botánicas. AHIM (Asociación de Herbarios Macaronésicos). 25 horas. Septiembre 2003
  • Taller replica "GBIF Ecological Niche Modelling". Unidad de Coordinación de GBIF-CSIC. 21 horas. Mayo 2006
  • El ABC del Administrador Linux. Departamento de Formación CSIC. 25 horas. Septiembre 2008
  • Introducción a la Web Semántica Departamento de Formación CSIC. 10 horas. Noviembre 2007
  • Seguridad en Servicios Web. Departamento de Formación CSIC. 25 horas. Junio 2007
  • Linux Avanzado. Departamento de Formación CSIC. 20 horas. Mayo 2007
  • Servicio de Directorio Activo. Departamento de Formación CSIC. 25 horas. Noviembre 2005
  • Administración de servidores Linux. Aula 50-hispalinux. 20 horas. Mayo 2006
  • Administración del Entorno Windows 2003 server. Departamento de Formación CSIC. 20 horas. Octubre 2005.
  • Master de Programación en Java 1.3 para Internet Centro Studio Multimedia.Octubre . 240 h. Diciembre 2000-Septiembre 2001
  • Programación en C++ y Visual C++ Fundación Complutense e IMAF.100h. Junio-Julio 2001
  • Redes con Tecnología Thin-Pc y Net-Pc Fundación Complutense e IMAF. 109 h. Noviembre-Diciembre 2000.
  • Oracle Evernet. 200h. Septiembre-Noviembre 2000.
  • Programación de Aplicaciones de Gestión IBM-Universidad Politécnica de Informática. 500h. Mayo-Noviembre 2000.
  • Programación en Visual Basic 6.0 CETICAM. 81 h. Junio-Julio, 2000.
  • Creación de Páginas Web Escuela Técnica de Nuevas Enseñanzas. Mayo-Julio,2000
  • Contaminación Atmosférica y Salud ambiental. Departamento de Ciencias Analíticas UNED.Curso 1997-98.
  • Técnico en Control y Evaluación de la Contaminación Ambiental. IMEFE.350 h. Octubre1997-Febrero1998
  • Planificación y Gestión de Áreas Naturales Protegidas. Fundación Complutense y CAM. 84 h. Mayo-Junio 1996


BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.csic.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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