Profesores: 

• Paulino Gómez-Puertas. CBMSO, Madrid. <pagomez@cbm.uam.es>
  Científico Titular del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y Profesor Honorario de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM). Su investigación se centra en la integración de información evolutiva y estructural para la simulación in silico de la función de las macromoléculas.
• Jan-Jaap Wesselink. Biomol-Informatics SL & CBMSO, Madrid. <jjw@biomol-informatics.com>
  Doctor en Bioinformática. Es experto en análisis de genomas y en el uso de herramientas computacionales para técnicas de secuenciación de nueva generación.
• Eduardo López Viñas. Biomol-Informatics SL & CBMSO, Madrid. <edulovi@cbm.uam.es>
  Doctor en Biología Molecular. Experto en docking de compuestos a modelos 3D de centros activos de proteínas, diseño racional de fármacos y técnicas de dinámica molecular.


• GRUPO DE MODELADO MOLECULAR CBMSO: <http://www.cbm.uam.es/bioweb>
• BIOMOL-INFORMATICS SL: <http://www.biomol-informatics.com>

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Lunes 07
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• Introducción - PDF
• SECUENCIAS DE DNA Y PROTEÍNA
• Bases de datos en Bioinformática. Búsqueda en bases de datos de secuencias.
• Alineamientos de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Alineamiento múltiple.
• Filogenias moleculares. Sistemática molecular y evolución de secuencias y estructuras.
• Agrupamiento de secuencias. Métodos de construcción de árboles filogenéticos

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Martes 08 y Miércoles 09
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• ANÁLISIS DE GENES Y GENOMAS
• Introducción al análisis y anotación de genomas.
• Utilización de un sistema de navegación genómica (Genome Browser).
• Predicción de genes en eucariotas. Anotación de secuencias genómicas.
• Secuenciación masiva: Introducción a las técnicas de "Next Generation Sequencing".
• Análisis de datos de secuenciación masiva.

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Jueves 10
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• DISEÑO MOLECULAR 3D DE PROTEÍNAS
• Introducción: Visualización de estructura de proteínas.
• Modelado por Homología: Introducción: [PDF].
• Modelado por Homología I: Modo automático.
• Modelado por Homología II: Modo alineamiento.
• Modelado por Homología III: Uso de Swiss-PdbViewer/DeepView.
• Modelado por Homología Remota ("Threading"). Introducción [PDF].
• Modelado por Homología Remota ("Threading").

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Viernes 11
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• DISEÑO MOLECULAR 3D: INTERACCIONES PROTEINA-LIGANDO Y PROTEINA-PROTEINA.
• Introducción: interacciones proteína-ligando y proteína-proteína.
• Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico.
• Introducción a la Dinámica Molecular de Macromoléculas.

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[Evaluación del curso]
      [Cuestionario original: Cuestionario_encuesta_CITA2012.pdf]
      [Resultados de la evaluación: Resultados_encuesta_CITA2012.pdf]

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• ..Libros de texto:
• Lesk, A.M. "Introduction to bioinformatics" 3rd Ed., Oxford University Press, 2008.  <http://www.oup.com/uk/orc/bin/9780199208043/>
• Claverie, J-M & Notredame, C. "Bioinformatics for Dummies"  2nd. Ed.Wiley Publishing, INC. 2006. <http://www.dummies.com/WileyCDA/DummiesTitle/productCd-0470089857.html>
• Mount, D. "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis". CSHL Press, 2004.  <http://www.bioinformaticsonline.org/>
• Terence A Brown. "Genomes" 2nd Ed. Oxford: Wiley-Liss. 2002. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/