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Proteínas: relaciones estructura-actividad. Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico. 
 

1.- INTERACCIONES PROTEÍNA-LIGANDO y PROTEÍNA-PROTEÍNA:

  Teoría:

  Documentación adicional sobre docking proteína-ligando y virtual screening:  Documentación adicional sobre docking proteína-proteína:


2.- PRÁCTICA DE DOCKING PROTEÍNA-PROTEÍNA UTILIZANDO "HEX"

  Práctica 1:
Modelado de la interacción entre el trímero de la Hemaglutinina H5: MODEL-H5-TRIMER.pdb
y el ligando "2-o-methyl-5-n-acetyl-alpha-d-neuraminic acid": MNA.pdb
1.- Abrir el programa Hex:
File -> Open receptor -> MODEL-H5-TRIMER.pdb
File -> Open ligand -> MNA.pdb 
Control -> Docking:
    Search Mode= Orbit Ligand
    Correlation= Shape + Electrostatic
    Radial Filter= Re-entrant
    PostProcessing= None
    Receptor Range= 0 (samples=362 -indiferente-)
    Ligand Range=30 (samples=492)
    Twist Range=360 (samples=128)
    Distance Range=30 (step size=0.75)
    Grid Dimension=0.6
    Steric Scan=ON (n=16)
    Final Search=25
Activate.

Comparar los diferentes modelos obtenidos. 
Salvar los más interesantes:
File -> Save -> Both (Dos ejemplos de resultado: [Docking-Hex-sol2.pdb] [Docking-Hex-sol3.pdb]).
Salvar también el fichero de resumen: 
File -> Save -> Summary [summary_Hex.txt]

Los resultados pueden visualizarse con Pymol (Actions -> preset -> ligand sites -> solid):
 

 Comparar la posición del ligando en los modelos de docking con la obtenida en el cristal original de H1: [H1-ORIGINAL.pdb] (obtenida a partir del fichero de PDB: 1hge.pdb
                     ¿Son iguales? ¿Por qué? 

      Ejercicio adicional:   Práctica 2:
    Modelado de la interacción entre DNA (sitio específico -GACC-): [1A1F_B-C]
    y la estructura del factor de transcripción DSNR (ZIF268 variant) "zinc finger": [1A1F_A]
    Control -> Docking:
        Search Mode= Orbit Ligand
        Correlation= Shape + Electrostatic
        Radial Filter= Re-entrant
        PostProcessing= None
        Receptor Range= 0 (samples=362 -indiferente-)
        Ligand Range=15 (samples=362)
        Twist Range=30 (samples=128)
        Distance Range=5 (step size=0.25)
        Grid Dimension=0.6
        Steric Scan=ON (n=16)
        Final Search=25
    Activate.
    Se pueden comparar los resultados con la estructura experimental: [1A1F.pdb]
                         ¿Son iguales? ¿Por qué? 

      Práctica 3:
    Modelado de la triple interacción entre:
    Ejercicio: Utilizando los parámetros de las prácticas 1 y 2 sobre las siguientes combinaciones de estructuras, obtener los modelos de interacción con Ribavirina:


....


Coordinador:
Dr. Paulino Gómez-Puertas.
Grupo de Modelado Molecular. 
Centro de Biologia Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91-196-4663/4662   Fax: (+34) 91-196-4420
2012
bioweb: Molecular Modelling Group

Biomol-Informatics SL