Profesor: 

• Paulino Gómez Puertas. CBMSO. <pagomez@cbm.uam.es>

Página Web del Grupo de Modelado Molecular: <http://www.cbm.csic.es/bioweb>
Acceso a esta página: <http://www.cbm.csic.es/bioweb/courses/MasterVirol2014>
Página Web del Master de Virología: <http://www.ucm.es/centros/webs/m5048/>

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• SECUENCIAS DE DNA Y PROTEÍNA
• Bases de datos en Bioinformática. Búsqueda en bases de datos de secuencias.
• Alineamientos de secuencias de ácidos nucleicos y proteínas. Alineamiento múltiple.
• Filogenias moleculares. Sistemática molecular y evolución de secuencias y estructuras.
• Agrupamiento de secuencias. Métodos de construcción de árboles filogenéticos

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• DISEÑO MOLECULAR 3D DE PROTEÍNAS
• Introducción: Visualización de estructura de proteínas.
• Modelado por Homología: Introducción: [PDF].
• Modelado por Homología I: Modo automático.
• Modelado por Homología II: Modo alineamiento.
• Modelado por Homología III: Uso de Swiss-PdbViewer/DeepView.
• Modelado por Homología Remota ("Threading"). Introducción [PDF].
• Modelado por Homología Remota ("Threading").

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• DISEÑO MOLECULAR 3D: INTERACCIONES PROTEINA-LIGANDO Y PROTEINA-PROTEINA.
• Introducción: interacciones proteína-ligando y proteína-proteína.
• Predicción de interacciones proteína-sustrato y proteína-proteína. Docking in silico.
• Introducción a la Dinámica Molecular de Macromoléculas.

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• ..Libros de texto:
• Lesk, A.M. "Introduction to bioinformatics" 3rd Ed., Oxford University Press, 2008.  <http://www.oup.com/uk/orc/bin/9780199208043/>
• Claverie, J-M & Notredame, C. "Bioinformatics for Dummies"  2nd. Ed.Wiley Publishing, INC. 2006. <http://www.dummies.com/WileyCDA/DummiesTitle/productCd-0470089857.html>
• Mount, D. "Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis". CSHL Press, 2004.  <http://www.bioinformaticsonline.org/>
• Terence A Brown. "Genomes" 2nd Ed. Oxford: Wiley-Liss. 2002. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK21128/