bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

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MULTIMEDIA FILES / ARCHIVOS MULTIMEDIA

2017. Two-step ATP-driven opening of cohesin head (1/3).

ATP hydrolysis at active site 1 of human cohesin in the presence of Rad21. Quantum Mechanics / Molecular Mechanics. The different steps in the reaction are highlighted: initial structure (S), stabilization of the catalytic water molecule, transition state (TS) and final product (P).
Hidrólisis de ATP en el sitio activo 1 de cohesina humana en presencia de Rad21. Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular. Se indican los diferentes pasos de la reacción: estructura inicial (S), estabilización de la molécula de agua catalítica, estado de transición (TS) y producto final (P).

Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/ZsPWPVCUiG8]

2017. Two-step ATP-driven opening of cohesin head (2/3).

Positioning of Smc1A-K1120. Molecular Dynamics. After ATP hydrolysis at active site 1 of human cohesin, aminoacid Smc1A-K1120 moves close to the catalytic water molecule in the active site 2 and remained in its new location in a stable conformation.
Recolocación de Smc1A-K1120. Dinámica Molecular. Tras la hidrólisis de ATP en el sitio activo 1 de cohesina humana, el aminoácido Smc1A-K1120 se acerca a la molécula de agua catalítica del sitio activo 2 y permanece en su nueva localización en una conformación estable.

Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/edfNbtQK8ZA]

2017. Two-step ATP-driven opening of cohesin head (3/3).

ATP hydrolysis at active site 2 of human cohesin. Quantum Mechanics / Molecular Mechanics. The different steps in the reaction are highlighted: initial structure (S), transition state (TS) and final product (P).
Hidrólisis de ATP en el sitio activo 2 de cohesina humana. Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular. Se indican los diferentes pasos de la reacción: estructura inicial (S), estado de transición (TS) y producto final (P).

Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/hVyNMAhOxMo]

2012. Molecular Dynamics simulation of GTPase interfaces of FtsZ tetramer. .

Short filament of bacterial protein FtsZ: Behaviour of GTP (sticks), Mg2+, (green sphere), K+ (purple sphere) and water molecules (red and white structures) at the three interfaces of a FtsZ tetramer over 8 nanoseconds of unrestricted molecular dynamics.
Filamento corto de la proteína bacteriana FtsZ: Comportamiento de las moléculas de GTP (bastones), Mg2+, (esfera verde), K+ (esfera púrpura) y agua (estructuras en rojo y blanco) en las tres interfaces de un tetrámero de FtsZ durante 8 nanosegundos de dinámica molecular no restringida.

Published in: / Publicado en:
FEBS Letters 586, 1236–1239.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2012.03.042]
YouTube: [https://youtu.be/AC7d7zRP314]

2011. The role of Gln61 in ras p21 GTP hydrolysis: a QM/MM study. .

Quantum Mechanics / Molecular Mechanics interface: video demonstrating proton movements from water molecule A to water molecule B and then to GTP in the active centre of the protein of human oncogene Ras.
Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular: video mostrando el salto de un protón de la molécula de agua A a la molécula de agua B y de ahí al GTP en el centro activo de la proteína del oncogén Ras humano.

Published in: / Publicado en:
Biophysical Journal 102, 152-157.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.4005]
YouTube: [https://youtu.be/TvmYAZtMo4c]

2013. Simulation of catalytic water activation in mitochondrial F1-ATPase using a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics approach: An alternative role for ß-Glu 188. .

Quantum Mechanics / Molecular Mechanics interface: video demonstrating proton movements from water molecule A to water molecule B and then to ATP in the active centre of mitochondrial F1-ATPase.
Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular: video mostrando el salto de un protón de la molécula de agua A a la molécula de agua B y de ahí al ATP en el centro activo de la proteína F1-ATPasa mitocondrial.

Published in: / Publicado en:
Biochemistry 52, 959-966.  [PubMed]  [http://dx.doi.org/10.1021/bi301109x]
YouTube: [https://youtu.be/Ks5hZLf6ENY]



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