bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

http://www.cbm.csic.es/bioweb

 

Íñigo Marcos Alcalde
(Santander. 1987)
PhD student / Estudiante de doctorado.
Assistant teacher / Profesor ayudante UFV.

Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa".
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain.
Tel: (+34) 91-196-4662   Fax: (+34) 91-196-4420
e-mail: imarcos@cbm.csic.es
URL: http://www.cbm.csic.es/bioweb

Academic degrees / Títulos académicos
    2008. B. Sc. in Biotechnology / Diplomado en Biotecnología (Universidad Francisco de Vitoria, Madrid).
    2010. M. Sc. in Biotechnology / Licenciado en Biotecnología (Universidad Francisco de Vitoria, Madrid).
    2011. Postgraduate Master in Biophysics / Máster Universitario en Biofísica (Universidad Autónoma de Madrid)
Career / Trayectoria profesional.
    2010. PhD student at the Molecular Modelling Group - CBMSO (Madrid) / Estudiante de doctorado en el Grupo de Modelado Molecular - CBMSO (Madrid).
    2010- Pre-doctoral fellowship. "Severo Ochoa" Foundation / Beca predoctoral. Fundación "Severo Ochoa".
Specialization / Especialización.
  • Specialist in Management of Biotechnology Companies / Especialista en Gestión de Empresas Biotecnológicas
Participation in R&D contracts / Participación en contratos de I+D.
  • 2010. Análisis del mecanismo molecular de la regulación de MHC-I por ERK5 en linfocitos T transformados. IGMM (Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier). PI: Dr. Martín Villalba González.
  • 2010-2012. Contract for Research and Development on Bioinformatics between Biomol-Informatics SL and Fundación "Severo Ochoa". / Contrato de Investigación y Desarrollo en Bioinformática entre Biomol-Informatics SL y la Fundación "Severo Ochoa". (Coordinador: Paulino Gómez-Puertas).
Publications / Publicaciones (PubMed)
(A: article/artículo; R: review/revisión; C: book chapter/capítulo de libro; O: other/otros)

 2017:
 
6(A).-
Marcos-Alcalde, I., Mendieta-Moreno, J.I., Puisac, B., Gil-Rodríguez, M.C., Hernández-Marcos, M., Soler-Polo, D., Ramos, F.J., Ortega, J., Pié, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2017). Two-step ATP-driven opening of cohesin head. Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
5(A).-
Buey, R.M., Fernández-Justel, D., Marcos-Alcalde. Í., Winter, G., Gómez-Puertas, P., de Pereda, J.M. & Revuelta, J.L. (2017). A nucleotide-controlled conformational switch modulates the activity of eukaryotic IMP dehydrogenases. Scientific Reports 7, 2648.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-02805-x]

 2015:
 
4(A).-
Marcos-Alcalde, I., Setoain, J., Mendieta-Moreno, J.I., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2015). MEPSA: minimum energy pathway analysis for energy landscapes. Bioinformatics 31, 3853-3855.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv453]
3(A).-
Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I., Trabada, D.G., Gómez-Puertas, P., Ortega, J. & Mendieta, J. (2015). A practical Quantum Mechanics Molecular Mechanics method for the dynamical study of reactions in biomolecules. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology 100, 67-88.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/bs.apcsb.2015.06.003]
2(A).-
Gil-Rodríguez, M.C., ... , Marcos-Alcalde, I., Wesselink, J-J., Lusa-Bernal, S., ... , Gómez-Puertas, P., ..., & Pié, J. (2015). De novo Heterozygous Mutations in SMC3 Cause a Range of Cornelia De Lange Syndrome-Overlapping Phenotypes. Human Mutation 36, 454-462.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1002/humu.22761]

 2013:
 
1(A).-
Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I, *Gómez-Puertas, P. & Mendieta, J. (* Corresponding author). (2013). Simulation of catalytic water activation in mitochondrial F1-ATPase using a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics approach: An alternative role for ß-Glu 188. Biochemistry 52, 959-966.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [Supp. video. AVI]  [http://dx.doi.org/10.1021/bi301109x]

Fellowships / Becas
  • 2010. ERASMUS. Análisis del mecanismo molecular de la regulación de MHC-I por ERK5 en linfocitos T transformados. IGMM (Institut de Génétique Moléculaire de Montpellier).
Courses and meetings / Cursos y reuniones
  • Ciclo de conferencias: “Terapias contra el Cáncer”. Albertch Neese: “Reproductive system: new therapies”; Patrick Mahon: “Molecular biology of cancer”; Pilar Martín Duque: “Cancer gene therapy”. Universidad Francisco de Vitoria, 2006.
  • Conferencia: “Modelos animales para el estudio de enfermedades humanas”. Dra. Mirna Pérez-Moreno. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas, 2008.
  • Conferencia: “Cómo hacer ratones resistentes al cáncer y cómo nos ayudan en la lucha contra el cáncer”. Dr. Manuel Serrano. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas, 2008.
  • Congreso: III Congreso Interuniversitario de Biotecnología. Universidad de León, 2008.
  • Ciclo de conferencias: “Células madre y terapia regenerativa”. Coordinadoras: D.ª María Cascales Angosto y D.ª Flora de Pablo. Instituto de España, 2009.
BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.csic.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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