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MULTIMEDIA FILES / ARCHIVOS MULTIMEDIA
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2017.
Two-step ATP-driven opening of cohesin head (1/3).
ATP hydrolysis at active site 1 of human cohesin in the presence of Rad21. Quantum Mechanics / Molecular Mechanics. The different steps in the reaction are
highlighted: initial structure (S), stabilization of the catalytic water molecule, transition state (TS) and final product (P).
Hidrólisis de ATP en el sitio activo 1 de cohesina humana en presencia de Rad21. Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular. Se
indican los diferentes pasos de la reacción: estructura inicial (S), estabilización de la molécula de agua catalítica, estado de
transición (TS) y producto final (P).
Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266. [PubMed] [https://doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/ZsPWPVCUiG8] |
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2017.
Two-step ATP-driven opening of cohesin head (2/3).
Positioning of Smc1A-K1120. Molecular Dynamics. After ATP hydrolysis at active site 1 of human cohesin, aminoacid Smc1A-K1120 moves close to the catalytic water molecule in
the active site 2 and remained in its new location in a stable conformation.
Recolocación de Smc1A-K1120. Dinámica Molecular. Tras la hidrólisis de ATP en el sitio activo 1 de cohesina humana, el aminoácido Smc1A-K1120
se acerca a la molécula de agua catalítica del sitio activo 2 y permanece en su nueva localización en una conformación estable.
Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266. [PubMed] [https://doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/edfNbtQK8ZA] |
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2017.
Two-step ATP-driven opening of cohesin head (3/3).
ATP hydrolysis at active site 2 of human cohesin. Quantum Mechanics / Molecular Mechanics. The different steps in the reaction are
highlighted: initial structure (S), transition state (TS) and final product (P).
Hidrólisis de ATP en el sitio activo 2 de cohesina humana. Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular. Se
indican los diferentes pasos de la reacción: estructura inicial (S), estado de transición (TS) y producto final (P).
Published in: / Publicado en:
Scientific Reports 7, 3266. [PubMed] [https://doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
YouTube: [https://youtu.be/hVyNMAhOxMo] |
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2012.
Molecular Dynamics simulation of GTPase interfaces of FtsZ tetramer. .
Short filament of bacterial protein FtsZ: Behaviour of GTP (sticks), Mg2+, (green sphere), K+ (purple sphere) and water molecules
(red and white structures) at the three interfaces of a FtsZ tetramer over 8 nanoseconds of unrestricted molecular dynamics.
Filamento corto de la proteína bacteriana FtsZ: Comportamiento de las moléculas de GTP (bastones), Mg2+, (esfera verde), K+ (esfera púrpura) y agua
(estructuras en rojo y blanco) en las tres interfaces de un tetrámero de FtsZ durante 8 nanosegundos de dinámica molecular no restringida.
Published in: / Publicado en:
FEBS Letters 586, 1236–1239. [PubMed] [https://doi.org/10.1016/j.febslet.2012.03.042]
YouTube: [https://youtu.be/AC7d7zRP314] |
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2011.
The role of Gln61 in ras p21 GTP hydrolysis: a QM/MM study. .
Quantum Mechanics / Molecular Mechanics interface: video demonstrating proton movements from water molecule A to water molecule B and then to GTP in the active centre of the protein of human oncogene Ras.
Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular: video mostrando el salto de un protón de la molécula de agua A a la molécula de agua B y de ahí al GTP en el
centro activo de la proteína del oncogén Ras humano.
Published in: / Publicado en:
Biophysical Journal 102, 152-157. [PubMed] [https://doi.org/10.1016/j.bpj.2011.11.4005]
YouTube: [https://youtu.be/TvmYAZtMo4c] |
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2013.
Simulation of catalytic water activation in mitochondrial F1-ATPase using a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics
approach: An alternative role for ß-Glu 188. .
Quantum Mechanics / Molecular Mechanics interface: video demonstrating proton movements from water molecule A to water molecule B and then to ATP in the active centre of mitochondrial F1-ATPase.
Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular: video mostrando el salto de un protón de la molécula de agua A a la molécula de agua B y de ahí al ATP en el
centro activo de la proteína F1-ATPasa mitocondrial.
Published in: / Publicado en:
Biochemistry 52, 959-966. [PubMed] [https://doi.org/10.1021/bi301109x]
YouTube: [https://youtu.be/Ks5hZLf6ENY] |
BIOWEB: MOLECULAR MODELING GROUP
Centro de Biología Molecular Severo Ochoa
(CBM, CSIC-UAM)
http://www.cbm.csic.es/bioweb
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C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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