bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

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Molecular Modelling Group / Grupo de Modelado Molecular.
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CBMSO, CSIC-UAM).


People / Personal:

- Paulino Gómez-Puertas.
    Research Scientist at the Spanish National Research Council (CSIC) and Honorary Professor of the Autonomous University of Madrid (UAM). His research is focused on the integration of evolutive and structural information for the in silico simulation of macromolecular function.

    Científico Titular del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) y Profesor Honorario de la Universidad Autónoma de Madrid (UAM). Su investigación se centra en la integración de información evolutiva y estructural para la simulación in silico de la función de las macromoléculas.

- Jesús Mendieta Gómez.
    Teacher at the Autonomous University of Madrid. Teacher at the Francisco de Vitoria University.. Expert in techniques of molecular dynamics and QM/MM applied to the study of protein structure, macromolecular interactions and in silico simulation of experimental enzyme modifications.

    Profesor en la Universidad Autónoma de Madrid. Profesor en la Universidad Francisco de Vitoria. Experto en técnicas de dinámica molecular y QM/MM aplicadas al estudio de estructura de proteínas, interacciones macromoleculares y simulación in silico de modificaciones experimentales de enzimas.

- Silvia Lusa Bernal.
    Researcher Biomol-Informatics / CBMSO. Graduated in Biology. Expert in Application development and Web application development. Servers and Databases. Design, implementation and administration of data network infrastructure.

    Investigadora Biomol-Informatics / CBMSO. Licenciada en Biología. Experta en Desarrolllo de aplicaciones y desarrollo web. Servidores y bases de datos. Diseño, implementación y administración de infraestructura para red de datos.

- Jesús-Ignacio Mendieta Moreno
    Assistant teacher at the Autonomous University of Madrid. PhD student at the CBMSO (CSIC-UAM). Graduate in Physics. Quantum Mechanics / Molecular Mechanics (QM/MM) interface: implementation of Density Functional Theory (DFT) in the study of enzymatic mechanism of GTPases and ATPases.

    Profesor asociado en la Universidad Autónoma de Madrid. Estudiante de doctorado en el CBMSO (CSIC-UAM). Licenciado en Física. Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular: implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT) en el estudio de los mecanismos enzimáticos de GTPasas y ATPasas.

- Íñigo Marcos Alcalde
    Assistant teacher at the Francisco de Vitoria University. PhD student at the CBMSO (CSIC-UAM). Graduate in Biotechnology. Molecular Dynamics of the enzymatic mechanism of GTPases involved in chromosome segregation.

    Profesor asociado en la Universidad Francisco de Vitoria. Estudiante de doctorado en el CBMSO (CSIC-UAM). Licenciado en Biotecnología. Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas implicadas en segregación cromosómica.


Former lab members / Antiguos miembros del grupo:

- Eduardo López-Viñas. 2001- 2013.
    Postdoctoral Scientist Biomol-Informatics / CBMSO. Expert in homology modeling of protein structures, in silico 3D simulation of missense mutations and evolutive analysis of protein sequences and structures. Expert in rational drug design.

    Investigador Doctor Biomol-Informatics / CBMSO. Experto en modelado por homología de estructura de proteínas, simulación 3D in silico de mutaciones puntuales y en análisis evolutivo de secuencias y estructuras proteicas. Experto en diseño racional de fármacos.

- Fernando Martín García. 2008-2014
    Post-doctoral student at the CBMSO (CSIC-UAM). PhD in Sciences - Biophysics. Graduate in Biotechnology. Molecular Dynamics of enzymatic mechanism of GTPases. Its application to the study of FtsZ and to the design of antimicrobials.

    Estudiante post-doctoral en el CBMSO (CSIC-UAM). Doctor en Ciencias - Biofísica. Licenciado en Biotecnología. Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas. Su aplicación al estudio de FtsZ y al diseño de antibióticos.

- Jan-Jaap Wesselink. 2009-2014
    Postdoctoral Scientist Biomol-Informatics / CBMSO. PhD in Bioinformatics and Executive Master's Degree in Business Administration. He is expert in genome analysis and in the use of computational tools for next-generation sequencing. He has large experience in the study of (conservation of) alternative splicing and alternative transcripts in genomes.

    Investigador Doctor Biomol-Informatics / CBMSO. Doctor en Bioinformática y Executive Master in Business Administration. Es experto en análisis de genomas y en el uso de herramientas computacionales para técnicas de secuenciación de nueva generación. Posse gran experiencia en el estudio de (y en el estudio de la conservación de) splicing alternativo y transcritos alternativos en genomas.

- Daniel López López. 2013-2014.
    Researcher Biomol-Informatics / CBMSO. PhD in Biology-Bioinformatics. Expert in Big Data management. Expert in Genome analysis - NGS.

    Investigador Biomol-Informatics / CBMSO. Doctor en Biología - Bioinformática. Experto en manejo de "Big Data". Experto en análisis genómico - NGS.

- Rurika Oka. 2013-2014
    PhD student at the CBMSO (CSIC-UAM) and Biomol-Informatics. MSc in Bioinformatics. Comparative genomics and next generation sequence analysis.

    Estudiante de doctorado en el CBMSO (CSIC-UAM) y Biomol-Informatics. Master en Bioinformática. Genómica comparada y análisis de datos de next generation sequence.

Visitors / Visitantes:
    - Gema de Usera Guzmán. (Master Biotechnology, Universidad Autónoma de Madrid). 2013.
      In silico drug design based on the properties of the receptor molecule.
      Diseño de fármacos in silico basado en las propiedades de la molécula receptora.
    - Pilar Egea Miranda (Facultad de Medicina. Universidad de Sevilla / Hospital Universitario Virgen Macarena). 2013.
      Genome sequence analysis of OXA-48 carbapenemase-producing bacteria.
      Análisis de secuencia genómica de bacterias productoras de carbapenemasa OXA-48.
    - Alejandro Llanes (Universidad de La Habana). 2006-2007.
      Phylogenetic reconstruction of the evolution of unichromosomal circular mitochondrial and (partial) bacterial genomes.
      Reconstrucción filogenética de la evolución de genomas circulares unicromosomales mitocondriales y bacterianos (parciales).
    - Mónica Ramos (Facultad de Medicina. Universidad de Zaragoza). 2005.
      Evolutive and structural analysis of human 3-hydroxy-3-methylglutaryl Coenzyme A synthase.
      Análisis evolutivo y estructural de la enzima 3-hidroxi-3-metilglutaril Coenzima A sintasa humana.
BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.csic.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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