bioweb: molecular modelling group / grupo de modelado molecular

http://www.cbm.csic.es/bioweb

 

Dr. Paulino Gómez-Puertas.
(Sta. Mª del Páramo, León -Spain-. 1965)
Científico Titular CSIC.
Profesor Honorario UAM.
Investigador Asociado IdiPAZ.

Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa".
C/ Nicolás Cabrera, 1.
Campus UAM. Cantoblanco, 28049 Madrid. Spain.
Tel: (+34) 91-196-4663   Fax: (+34) 91-196-4420

e-mail: pagomez@cbm.csic.es

URL: http://www.cbm.csic.es/bioweb

Academic degrees / Títulos académicos
    1986. B.Sc. Biological Sciences / Diplomado en Ciencias Biológicas. (Universidad Autónoma de Madrid).
    1988. M. Sc. Biochemistry and Molecular Biology / Licenciado en Ciencias Biológicas (Universidad Autónoma de Madrid).
    1992. Ph.D. Biochemistry and Molecular Biology / Doctor en Bioquímica y Biología Molecular. (Universidad Autónoma de Madrid).
Career / Trayectoria profesional.
    1983. Under graduate student / Estudiante de licenciatura. Dpt. Bioquímica y Biología Molecular. U. Autónoma Madrid.
    1989. Ph.D. student / estudiante de doctorado. Dpt. Bioquímica y Biología Molecular. U. Autónoma Madrid..
    1992. Post-doctoral. Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". CSIC.
    1993. Post-doctoral. Centro de Investigación en Sanidad Animal. CISA-INIA.
    1997. Post-doctoral. Centro Nacional de Biología Fundamental. ISCIII.
    1998. Visiting scientist / Científico visitante. N.E.R.C. Institute of Virology and Environmental Microbiology. Oxford.
    2000. Post-doctoral. Protein Design Group. Centro Nacional de Biotecnología. CSIC.
    2002. Research Scientist / Científico Titular. CSIC - Bioinfo Lab. CAB. Madrid.
    2003. Honorary Professor / Profesor Honorario. Universidad Autónoma de Madrid.
    since 2004. Research Scientist / Científico Titular. Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" CSIC-UAM. Madrid.
    2005. Invited Professor / Profesor invitado. Universidad Francisco de Vitoria. Madrid.
    2006. President of the Comission for Informatics / Presidente de la Comisión de Informática.
              Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" CSIC-UAM. Madrid.
    2006. Coordinator of Bioinformatics module of Masters program in Molecular Biology / Coordinador del módulo de Bioinformática
              del programa de Master en Biología Molecular. U. Autónoma Madrid.
    2006. Coordinator of Bioinformatics module of Masters program in Biomedicine / Coordinador del módulo de Bioinformática
              del programa de Master en Biomedicina. U. Autónoma Madrid.
    2012. Associated Researcher to the Institute for Health Research of La Paz University Hospital (IdiPAZ) /
              Investigador Asociado al Instituto de Investigación Sanitaria del Hospital Universitario La Paz (IdiPAZ).

    Awards & Scientific Societies / Reconocimientos y Sociedades Científicas.
    • 1992. Doctorate Prize / Premio Extraordinario de Doctorado. Universidad Autónoma de Madrid.
    • 1992. Member of the Spanish Society for Biochemistry and Molecular Biology / Miembro de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular (SEBBM).
    • 1994. "Juan Abelló" Biochemistry Award / Premio "Juan Abelló" de Bioquímica. Spanish Royal Academy of Doctors / Real Academia de Doctores.
    • 2013. Member of the Spanish Association of Human Genetics / Miembro de la Asociación Española de Genética Humana (AEGH).

    Others / Otros.
    • Evaluator of project proposals for the "National Evaluation and Foresight Agency (ANEP)" of the Spanish Ministry of Science and Innovation. / Evaluador de proyectos de la "Agencia Nacional de Evaluación y Prospectiva (ANEP)" del Ministerio de Ciencia e Innovación.
    • Evaluator of project proposals for the "Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT)" of Argentina. / Evaluador de proyectos de la "Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica (ANPCyT)" de Argentina.
    • Evaluator of project proposals for the "Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC-Uruguay)" of Uruguay. / Evaluador de proyectos de la "Comisión Sectorial de Investigación Científica (CSIC-Uruguay)" de Uruguay.
    • Evaluator of project proposals for the "National Evaluation and Foresight Commission (FONCECYT-CONICYT)" of Chile. / Evaluador de proyectos de la "Comisión Nacional de Investigación Científica y Tecnológica (FONCECYT-CONICYT)" de Chile.
    • Evaluator of project proposals for the "Agency for Administration of University and Research Grants" of the Catalonian Autonomous Government. / Evaluador de proyectos de la "Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca" de la Generalitat de Catalunya.
    • Evaluator of project proposals for the "Administration Office for Research, Development and Innovation" of the Autonomous Government of Galicia. / Evaluador de proyectos de la "Dirección Xeral de Investigación, Desenvolvemento e Innovación" de la Xunta de Galicia.
    • Referee for International Journals in the fields of Bioinformatics and Molecular Biology.
Spin-off companies / Empresas "spin-off"
  • 2007. Founder of Biomol-Informatics SL, a spin-off company of Parque Científico de Madrid. / Fundador de Biomol-Informatics SL, una empresa "spin-off" del Parque Científico de Madrid.
  • 2009. Biomol-Informatics participates in the "Divinocell" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. HEALTH-F3-2009-223431) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Divinocell" un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. HEALTH-F3-2009-223431). SEE AN INTERVIEW HERE / VEA UNA ENTREVISTA AQUÍ.
  • 2011. Biomol-Informatics coordinates the "DIGEN-1K" consortium (participants: Madrid Science Park, IdiPaz, CSIC) financed by the Spanish Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000) / Biomol-Informatics coordina el consorcio "DIGEN-1K" (participantes: Parque Científico de Madrid, IdiPaz, CSIC) financiado por el Plan Nacional I+D+I 2011 (Ref: IPT-2011-0964-900000).
  • 2012. Biomol-Informatics participates in the "Dorian" consortium, a Collaborative Project financed by the 7FP-EU (ref. FP7-HEALTH-2011-278603) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Dorian" un Collaborative Project financiado por el 7PM-UE (ref. FP7-HEALTH-2011-278603).
  • 2012. Biomol-Informatics participates in the "Epi-TRAITS" consortium, a FP7 Marie Curie International Training Network (ref. FP7-PEOPLE-2012-ITN-316965) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "Epi-TRAITS" un Proyecto Marie Curie - International Training Network - FP7 (ref. FP7-PEOPLE-2012-ITN-316965).
  • 2014. Biomol-Informatics participates in the "IMI-ENABLE" consortium, a Innovatives Medicines Initiative within IMI’s New Drugs for Bad Bugs (ND4BB) programme (ref. IMI-DB4BB-ENABLE-115583) / Biomol-Informatics participa en el consorcio "IMI-ENABLE", en el marco de la "Innovatives Medicines Initiative" dentro del programa "New Drugs for Bad Bugs (ND4BB)" (ref. IMI-DB4BB-ENABLE-115583).
Research projects / Proyectos de investigación
  • 2002-2005. "Bio-PARTNeR: Protein interaction network". Fundación Ramón Areces. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2003-2004. "GenomeSpace: Sequence to structure". Intramural CAB. (Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2004. "Molecular basis of the anti-obesity properties of C75 compound". Fundacion Puleva. Research Prize 2004. (Principal Inv: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
  • 2004-2007. "Bioinformatics: Protein-protein and protein-ligand interactions. Modelling human CPTI function". Plan Nacional I+D+I. Ref: SAF2004-06843. (Coord: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2006-2012. "Bioinformatics: Structure and function of human CPTI". F.I.S. CIBER 2006: Fisiopatología de la Obesidad y Nutrición. Ref: CB06/03/0026. (Inv. Principal: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
  • 2007-2009. "BIOSINCEL. Synthetic biology of cellular division: reconstruction of the bacterial division proto-ring". CSIC: Proyectos Intramurales de Frontera 2006. Ref: 200620F0022. (Coord: Miguel Vicente, CNB-CSIC; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2007-2010. "COMBACT-CM. New targets to combat pathogenic bacteria". Comunidad de Madrid, I+D Biociencias 2006. Ref: S-BIO-0260-2006. (Coord: Miguel Vicente, CNB-CSIC; Principal Inv: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2008-2012. "Molecular bases of action of carnitine palmitoyltransferases as regulators of fat oxidation and their role on insulin resistance, type II diabetes and the hypothalamic appetite regulation". Plan Nacional I+D+I 2007. Eje-C Consolider. Ref: SAF2007-61926. (Coord. Consolider: Fausto G. Hegardt, Univ. Barcelona).
  • 2009-2012. "DIVINOCELL. Exploiting Gram-negative cell division targets in the test tube to obtain antimicrobial compounds". FP7 collaborative project FP7-HEALTH-F3-2009-223431. (Biomol-Informatics).
  • 2011-2014. "DORIAN. Developmental origins of healthy and unhealthy ageing: the role of maternal obesity". FP7 collaborative project FP7-HEALTH-2011-278603. (Biomol-Informatics).
  • 2011-2014. "DIGEN-1K: Experimental development of a Genetic Diagnostics Method using Next Generation Sequencing". Plan Nacional I+D+I Ref.: INNPACTO IPT-2011-0964-900000. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
  • 2011-2012. "Use of specific peptides from proteins FtsA and FtsZ as antimicrobials". Plan Nacional I+D+I Ref.: EXPLORA SAF2011-13156-E. (Principal Inv.: Paulino Gómez-Puertas).
R&D contracts / Contratos de I+D.
Publications / Publicaciones [ PUBMED ] [ Google scholar ].
(A: article/artículo; R: review/revisión; C: book chapter/capítulo de libro; O: other/otros)

 ISI h-index: 31 (Jan. 2017)

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113(A).-
Marcos-Alcalde, I., Mendieta-Moreno, J.I., Puisac, B., Gil-Rodríguez, M.C., Hernández-Marcos, M., Soler-Polo, D., Ramos, F.J., Ortega, J., Pié, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2017). Two-step ATP-driven opening of cohesin head. Scientific Reports 7, 3266.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-03118-9]
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Buey, R.M., Fernández-Justel, D., Marcos-Alcalde. Í., Winter, G., Gómez-Puertas, P., de Pereda, J.M. & Revuelta, J.L. (2017). A nucleotide-controlled conformational switch modulates the activity of eukaryotic IMP dehydrogenases. Scientific Reports 7, 2648.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1038/s41598-017-02805-x]
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Puisac, P., Teresa-Rodrigo, M.E., Hernández-Marcos, M., Baquero-Montoya, C., Gil-Rodríguez, M.C., Visnes, T., Bot, C., Gómez-Puertas, P., Kaiser, F.J., Ramos, F.J., Ström, L. & Pié, J. (2017). mRNA quantification of NIPBL isoforms A and B in adult and fetal human tissues, and a pathological variant affecting only isoform A in two patients with Cornelia de Lange Syndrome. International Journal of Molecular Sciences 18, 481.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.3390/ijms18030481]

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Mendieta-Moreno, J., Trabada, D., Mendieta, J., Lewis, J., Gómez-Puertas, P. & Ortega, J. (2016). Quantum Mechanics / Molecular Mechanics Free Energy Maps and Nonadiabatic Simulations for a Photochemical Reaction in DNA: Cyclobutane Thymine Dimer. Journal of Physical Chemistry Letters 7, 4391–4397.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1021/acs.jpclett.6b02168]
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Aguilera Rossi, C.A., Gómez-Puertas, P. & Ayala Serrano, J.A. (2016). In vivo functional and molecular characterization of the Penicillin-Binding Protein 4 (DacB) of Pseudomonas aeruginosa. BMC Microbiology 16, 234.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1186/s12866-016-0853-x]
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Pié, J., Puisac, B., Hernández-Marcos, M., Teresa-Rodrigo, M.E., Gil-Rodríguez, M.C., Baquero-Montoya, C., Bernal, M.L., Bueno, I., Gómez-Puertas, P. & Ramos, F.J. (2016). Special cases in Cornelia de Lange Syndrome: the Spanish experience. American Journal of Medical Genetics Part C 172C, 198-205  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1002/ajmg.c.31501]

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Marcos-Alcalde, I., Setoain, J., Mendieta-Moreno, J.I., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2015). MEPSA: minimum energy pathway analysis for energy landscapes. Bioinformatics 31, 3853-3855.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btv453]
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Salvarelli, E., Krupka, M., Rivas, G., Mingorance, J., Gómez-Puertas, P., Alfonso, C. & Rico, A.I. (2015). The Cell Division Protein FtsZ from Streptococcus pneumoniae Exhibits a GTPase Activity Delay. Journal of Biological Chemistry 290, 25081–25089.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1074/jbc.M115.650077]
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Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I., Trabada, D.G., Gómez-Puertas, P., Ortega, J. & Mendieta, J. (2015). A practical Quantum Mechanics Molecular Mechanics method for the dynamical study of reactions in biomolecules. Advances in Protein Chemistry and Structural Biology 100, 67-88.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/bs.apcsb.2015.06.003]
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Valdivieso, E., Perteguer, M.J., Hurtado, C., Campioli, P., Rodríguez, E., Saborido, A., Martínez-Sernández, V., Gómez-Puertas, P., Ubeira, F.M. & Gárate, T. (2015). ANISERP: a new serpin from the parasite Anisakis simplex. Parasites & Vectors 8, 399.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1186/s13071-015-1006-z]
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Martín-García, F., Papaleo, E., Gómez-Puertas, P., Boomsma, W. & Lindorff-Larsen, K. (2015). Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace. Plos ONE 10, e0121114.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0121114]
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Gil-Rodríguez, M.C., ... , Marcos-Alcalde, I., Wesselink, J-J., Lusa-Bernal, S., ... , Gómez-Puertas, P., ..., & Pié, J. (2015). De novo Heterozygous Mutations in SMC3 Cause a Range of Cornelia De Lange Syndrome-Overlapping Phenotypes. Human Mutation 36, 454-462.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1002/humu.22761]

 2014:
 
101(A).-
Baquero-Montoya, C., Gil-Rodríguez, M.C., Hernández-Marcos, M., Teresa-Rodrigo, M.E., Vicente-Gabas, A., Bernal, M.L., Casale, C.H., Bueno-Lozano, G., Bueno-Martínez, I., Queralt, E., Villa, O., Hernando-Davalillo, C., Armengol, L., Gómez-Puertas, P., Puisac, B., Selicorni, A., Ramos, F.J. & Pié, J. (2014). Severe ipsilateral musculoskeletal involvement in a Cornelia de Lange patient with a novel NIPBL mutation. European Journal of Medical Genetics 57, 503-509.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmg.2014.05.006]
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Mendieta-Moreno, J.I., Walker, R., Lewis, J., *Gómez-Puertas, P., ^Mendieta, J. & *^Ortega, J. (*Corresponding authors; ^Co-last authors) (2014). FIREBALL/AMBER: An efficient local-orbital DFT QM/MM method for biomolecular systems. Journal of Chemical Theory and Computation 10, 2185–2193.  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1021/ct500033w]
99(R).-
Iozzo, P., Holmes, M., Schmidt, M.V., Cirulli, F., Guzzardi, M.A., Berry, A., Balsevich, G., Andreassi, M.G., Wesselink J.J., Liistro, T. Gómez-Puertas, P., Eriksson, J.G. & Seckl, J. (2014). Developmental ORIgins of Healthy and Unhealthy AgeiNg: The Role of Maternal Obesity - Introduction to DORIAN. Obesity Facts 7, 130-151.  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1159/000362656]
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López-Camacho, E., Rentero, Z., Ruiz-Carrascoso, G., Wesselink, J-J., Pérez-Vázquez, M., Lusa-Bernal, S., Gómez-Puertas, P., Kingsley, R.A., Gómez-Sánchez, P., Campos, J., Oteo, J. & Mingorance, J. (2014). Design of clone-specific probes from genome sequences for rapid PCR-typing of outbreak pathogens. Clinical Microbiology and Infection 20, O891-O893.  [PubMed]  [PDF - manuscript]  [http://dx.doi.org/10.1111/1469-0691.12616]
97(A).-
Betancor, G., ,Nevot, M., Mendieta, J., Gómez-Puertas, P., Martínez, M.A. & Menéndez-Arias, L. (2014). Molecular basis of the association of H208Y and thymidine analogue resistance mutations M41L, L210W and T215Y in the HIV-1 reverse transcriptase of treated patients. Antiviral Research 106, 42-52.  [PubMed]  [PDF]  [Supplementary Info PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.antiviral.2014.03.004]
96(A).-
Baquero-Montoya, C., Gil-Rodríguez, M.C., Braunholz D., Teresa-Rodrigo, M.E., Obieglo C., Gener, B., Schwarzmayr, T., Strom, T.M., Gómez-Puertas, P., Puisac, B., Gillessen- Kaesbach, G., Musio, A., Ramos, F.J., Kaiser, F.J. & Pié, J. (2014). Somatic mosaicism in a Cornelia de Lange syndrome patient with NIPBL mutation identified by different Next Generation Sequencing approaches. Clinical Genetics 86, 595–597.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1111/cge.12333]
95(A).-
Gonzalez de Prado Salas, P., Hörger, I., Martín-García, F., Mendieta, J., Alonso, A., Encinar, M., Gómez-Puertas, P., Vélez, M. & Tarazona, P. (2014). Torsion and curvature of FtsZ filaments. Soft Matter 10, 1977-1986.  [PubMed]  [PDF]  [Supplementary Info PDF]  [http://dx.doi.org/10.1039/c3sm52516c]

 2013:
 
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Reis, F.P., Barbas, A., Klauer, A.A., Schaeffer, D., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P., van Hoof, A. & Arraiano, C.M. (2013). Modulating the RNA processing and decay by the exosome: altering Rrp44/Dis3 activity and end-product. PLoS ONE 8(11): e76504.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0076504]
93(A).-
Ramos, M., Menao, S., Arnedo, M., Puisac, B., Gil-Rodríguez, M.C., Teresa-Rodrigo, M.E., Hernández-Marcos, M., Pierre, G., Ramaswami, U., Baquero-Montoya, C., Bueno, G., Casale, C., Hegardt, F.G, Gómez-Puertas, P. & Pié, J. (2013). New case of Mitochondrial HMG-CoA Synthase deficiency. Functional analysis of eight mutations. European Journal of Medical Genetics 56, 411-415.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.ejmg.2013.05.008]
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Puisac, B., Teresa-Rodrigo, M.E., Arnedo, M., Gil-Rodríguez, M.C., Pérez-Cerdá, C., Ribes, A., Pié, A., Bueno, G., Gómez-Puertas, P. & Pié, J. (2013). Analysis of aberrant splicing and nonsense-mediated decay of the stop codon mutations c.109G>T and c.504_505delCT in 7 patients with HMG-CoA lyase deficiency. Molecular Genetics and Metabolism 108, 232-240.  [PubMed]  [PDF] nbsp;[http://dx.doi.org/10.1016/j.ymgme.2013.01.019]
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Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., Marcos-Alcalde, I, *Gómez-Puertas, P. & Mendieta, J. (* Corresponding author). (2013). Simulation of catalytic water activation in mitochondrial F1-ATPase using a hybrid quantum mechanics/molecular mechanics approach: An alternative role for ß-Glu 188. Biochemistry 52, 959-966.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [Supp. video. AVI]  [http://dx.doi.org/10.1021/bi301109x]
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Perteguer, M.J., Gómez-Puertas, P., Cañavate, C., Dagger, F., Gárate, T. & Valdivieso, E. (2013). Ddi1-like protein from Leishmania major is an active Aspartyl-Proteinase. Cell Stress & Chaperones 18, 171–181.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [cover paper / artículo de portada]  [http://dx.doi.org/10.1007/s12192-012-0368-9]

 2012:
 
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Wesselink, J.J., López-Camacho, E., De la Peña, S., Ramos-Ruiz, R., Ruiz-Carrascoso, G., Lusa-Bernal, S., Fernández-Soria, V., Gómez-Gil, R., *Gómez-Puertas, P. & *Mingorance, J. (* Corresponding authors). (2012). Genome sequence of OXA-48 carbapenemase producing Klebsiella pneumoniae KpO3210. Journal of Bacteriology 194, 6981.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1128/JB.01897-12]
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Arnedo, M., Menao, S., Puisac, B., Teresa-Rodrigo, M., Gil-Rodríguez, M., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P., Casals, N., Casale, C.H., Hegardt, F.G. & Pie, J. (2012). Characterization of a novel HMG-CoA Lyase enzyme with a dual location in endoplasmic reticulum and cytosol. Journal of Lipid Research 53, 2046-2056.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1194/jlr.M025700]
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Ahijado-Guzmán, R., Gómez-Puertas, P., Alvarez-Puebla, R.A., Rivas, G. & Liz-Marzán, L.M. (2012). SERS-based detection of the interactions between the essential cell division FtsZ protein and bacterial membrane elements. ACS Nano 6, 7514-7520.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1021/nn302825u]
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González-Magaldi, M., Postigo, R., de la Torre, B.G., Vieira, Y.A, López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P., Andreu, D., Kremer, L., Rosas, M.F. & Sobrino, F. (2012). Mutations that hamper dimerization of foot-and-mouth disease virus 3A protein are detrimental for infectivity. Journal of Virology 86, 11013-11023.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1128/JVI.00580-12]
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Matos, R.G., López-Viñas, E., Gómez-Puertas, P. & Arraiano, C.M. (2012). The only exoribonuclease present in Haloferax volcanii has an unique response to temperature changes. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects 1820, 1543–1552.  [PubMed]  [PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.bbagen.2012.06.009]
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Martín-García, F., Salvarelli, E., Mendieta-Moreno, J.I., Vicente, M., Mingorance, J., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2012). Molecular dynamics simulation of GTPase activity in polymers of the cell division protein FtsZ. FEBS Letters 586, 1236–1239.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [Supp. video. AVI]  [Supp. video. MOV -HD-]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.febslet.2012.03.042]
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Martín-García, F., Mendieta-Moreno, J.I., Mendieta, J. & Gómez-Puertas, P. (2012). Molecular dynamics analysis of conformational change of paramyxovirus F protein during the initial steps of membrane fusion. Biochemical and Biophysical Research Communications 420, 42-47.  [PubMed]  [PDF]  [Supp. Inf. PDF]  [http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2012.02.112]
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Gomez-Puertas, P., Rodriguez, F., Ortega, A., Oviedo, J.M., Alonso, C. & Escribano, J.M. (1995). Improvement of African swine fever virus neutralization assay using recombinant viruses expressing chromogenic marker genes. Journal of Virological Methods 55, 271-279.  [PubMed]  [PDF]
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Villalba, M., Martinez-Serrano, A., Gomez-Puertas, P., Blanco, P., Borner, C., Villa, A., Casado, M., Gimenez, C., Pereira, R., Bogonez, E., Pozzan, T. & Satrustegui, J. (1994). The role of pyruvate in neuronal calcium homeostasis: effects on intracellular calcium pools. Journal of Biological Chemistry 269 (4), 2468-2476.  [PubMed]  [PDF]
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Satrustegui, J., Blanco, P., Villalba, M., Pereira, R., Börner, C., Gomez-Puertas, P., Villa, A., Bogonez, E. & Martinez-Serrano, A. (1993).  Calcium binding to the cytosol and regulation of cytosolic free calcium levels in  presynaptic nerve endings from different brain regions and their alterations with ageing.  Chapter for "Aspects of Aging and Disease." D.L. Knook & G. Hofecker (Eds.) Facultas Verlag,  Vienna.
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Huidrobro, A., Blanco, P., Villalba, M., Gomez-Puertas, P., Villa, A., Bogonez, E., Martinez-Serrano, A., Aparicio, J.J. & Satrustegui, J. (1993). Age-related changes in calcium homeostatic mechanisms in synaptosomes in relation with working memory deficiency. Neurobiology of Aging 14, 479-486.  [PubMed
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1(A).-
Gomez-Puertas, P., Martinez-Serrano, A., Blanco, P., Satrustegui, J. & Bogonez, E. (1991). Conditions restricting depolarization-dependent calcium influx in synaptosomes reveal a graded response of P96 dephosphorylation and a transient dephosphorylation of P65. Journal of Neurochemistry 56, 2039-2047.  [PubMed

Meetings / Congresos

  • 12th Biennial Meeting of the International Society for Neurochemistry. 1989. El Algarve (Portugal).
  • I Congreso Iberoamericano de Biofísica. 1989. Sevilla. (Spain).
  • XVI Congreso Nacional de la Sociedad Española de Bioquímica. 1989. Alicante. (Spain).
  • 8th General Meeting of the European Society for Neurochemistry. 1990. Leipzig (Germany).
  • Simposio Multidisciplinario sobre Enfermedad de Alzheimer y Otras Demencias. 1990. Pamplona. (Spain).
  • IV Portuguese-Spanish Biochemistry Congress. 1991. Póvoa de Varzim (Portugal).
  • 8th International Conference on Second Messengers & Phosphoproteins. 1992. Glasgow (Scotland).
  • II Congreso Iberoamericano de Geriatría y Gerontología - V Centenario. 1992. Sevilla. (Spain).
  • V Congreso Nacional de Virología. 1995. Madrid. (Spain).
  • The First European Meeting of Virology. 1995. Würzburg (Germany).
  • IX International Meeting on Poxvirus and Iridovirus. 1996. Toledo. (Spain).
  • IV Congreso Nacional de Virología. 1997. Santiago de Compostela. (Spain).
  • XIth International Congress of Virology. 1999. Sydney (Australia).
  • VI Congreso Nacional de Virología. 1999. Madrid (Spain).
  • European Virology 2000. Glasgow (Scotland).
  • Chaperonins: Structure and Function. 2000. Juan March Inst. Madrid (Spain).
  • Structural Genomics and Bioinformatics. 2001. Juan March Inst. Madrid (Spain).
  • XXIV Congreso de la SEBBM. 2001. Spain.
  • Manufacturing Bacteria: Cell Division Components. 2002. Juan March Inst. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Blue Sky Workshop. US-EC TaskForce on Biotechnology Research. 2001. Washington D.C. (USA).
  • (Chairman / Moderador) III Jornadas de Bioinformática. 2002. Salamanca (Spain).
  • (Organizer / Organizador) ESF Workshop: Modelling of molecular networks. 2002. Granada (Spain).
  • (Invited / Invitado) ESF Workshop: Protein Structure Prediction. 2002. Antalya (Turkey).
  • (Invited / Invitado) Mundo BIOTECH 2003. Madrid (Spain).
  • (Committee member / Miembro del Comité) IV Jornadas de Bioinformática JBI 2003. La Coruña (Spain).
  • BIFI 2004. Biology after the Genome: a Physical View. Zaragoza (Spain).
  • Micro_MATRIX workshop on Antimicrobial Resistance. 2004. Las Navas (Spain).
  • (Invited / Invitado) Mundo BIOTECH 2004. Madrid (Spain).
  • V Jornadas de Bioinformática. 2004. Barcelona (Spain).
  • (Invited / Invitado) I Jornadas Divinocell. 2006. Madrid. (Spain).
  • IX Congreso Nacional de Virología. 2007. Zaragoza. (Spain).
  • 6th International Respiratory Syncytial Virus Symposium. 2007. Marco Island, Florida (USA).
  • 32nd FEBS Congress: Molecular Machines. 2007. Wien (Austria).
  • (Scientific Committee / Comité Científico) 1st International Workshop on Bioinformatic and Chemoinformatic Intelligent Systems. 2007. Salamanca. (Spain).
  • (Invited / Invitado) I workshop "Cornelia de Lange Syndrome and Cohesinopaties". 2007. Zaragoza. (Spain).
  • (Chairman / Moderador) 1st International Symposium CIBERobn. 2007. Santiago de Compostela. (Spain).
  • XXIX Congreso Chileno de Microbiología. 2008. Viña del Mar (Chile).
  • (Scientific Committee / Comité Científico) 8th Spanish Symposium on Bioinformatics and Computational Biology. 2008. Valencia. (Spain).
  • (Scientific Committee / Comité Científico) 2nd International Workshop on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB'08). 2008. Salamanca. (Spain).
  • (Invited / Invitado) 1st International Divinocell Meeting. 2009. Las Rozas - Madrid. (Spain).
  • XXXII Congreso de la Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular. 2009. Oviedo. (Spain).
  • Frontiers of Prokaryotic Cell Biology. EMBO workshop. 2009. Oxford (UK)
  • (Invited / Invitado) 2nd International Divinocell Meeting. 2010. Cambridge. (UK).
  • (Invited / Invitado) Workshop in Biomathematics. Institute for the Mathematical Sciences. 2010. Madrid (Spain).
  • (Closing conference / Conferencia de clausura) 1st Physiology Workshop. Faculty of Medicine. University of Zaragoza. 2010. Zaragoza (Spain).
  • (Invited / Invitado) XXXIII Congreso Sociedad Española de Bioquímica y Biología Molecular. 2010. Córdoba (Spain).
  • IV Spanish-Portuguese Biophysical Congress. 2010. Zaragoza (Spain).
  • (Chairman / Moderador) Bioinformatics Solutions. BIOSPAIN 2010 - 5th International Meeting on Biotechnology. 2010. Pamplona (Spain).
  • (Scientific Committee / Comité Científico) Xth Spanish Symposium on Bioinformatics (JBI2010). 2010. Málaga (Spain).
  • (Invited / Invitado) COMBACT closing workshop. 2010. Madrid (Spain).
  • (Scientific Committee / Comité Científico) 5th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics (IWPACBB’11) 2011. Salamanca. (Spain).
  • (Invited / Invitado) ESF Exploratory Workshop - PESC. Bacterial Protein Dynamic Scaffolds For Fabrication Of Self-organized Nanostructures. 2011. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) 2nd Meeting of Madrid Synthetic Biology Club. CNB-CSIC. 2011. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Instituto de Recursos Naturales y Agrobiología de Salamanca (IRNASA-CSIC) 2011. Salamanca (Spain).
  • 8th European Biophysics Congres. 2011 Budapest (Hungary).
  • XIth Spanish Simposium on Bioinformatics (JBI2012). 2012. Barcelona (Spain).
  • (Invited / Invitado) DORIAN workshop. Epigenetics and Obesity. 2012. Pisa (Italy).
  • (Invited / Invitado) EMBO workshop "Reconstructing the essential bacterial cell cycle machinery". 2012. La Granja - Segovia (Spain).
  • (Invited / Invitado) EU COST action "CODECS 2013 WORKSHOP - COnvergent Distributed Environment for Computational Spectroscopy" 2013. El Escorial. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Meeting of Computational Biology Groups at the Autonomous University of Madrid. COMP-BIOL @ UAM 2013. Cantoblanco, Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Division From A to Z. CNB Workshop 2013. Cantoblanco, Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) DORIAN workshop. Epigenetics and Obesity. 2014. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Bioscience and Big data. Big Data Week. 2014. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) Cumbre Atlántica de Promoción de la Salud y Educación para la Salud. 2015. Madrid (Spain).
  • (Invited / Invitado) X National Meeting Cornelia de Lange Syndrome. 2015. Madrid (Spain).
TEACHING / DOCENCIA

Thesis direction / Dirección de tesis doctorales:
  • Jose Maria Oviedo Valencia. "Propiedades antigénicas e inmunogénicas de las proteínas mayoritarias p72, p30 y p54 del virus de la Peste porcina africana". Cum laude. Universidad Complutense de Madrid. 1997.
  • Eduardo López Viñas. "Integración de información evolutiva y estructural mediante herramientas bioinformáticas. Estudio funcional de la familia de enzimas de las carnitina/colina-aciltransferasas."Cum laude. Universidad Autónoma de Madrid. 2008.
  • Fernando Martín García. "Análisis mediante Dinámica Molecular y Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular de la Reacciones de Hidrólisis en Proteínas NTPasas."/ "Molecular Dynamics and Quantum Mechanics / Molecular Mechanics Analysis of Hydrolysis Reactions in NTPase Proteins." Cum laude. Universidad Autónoma de Madrid. 2013.
  • Jesús Ignacio Mendieta Moreno. "Interfaz Mecánica Cuántica / Mecánica Molecular (QM/MM): implementación de la Teoría de Funcionales de Densidad (DFT) en el estudio de los mecanismos enzimáticos de GTPasas y ATPasas." / "Quantum Mechanics / Molecular Mechanics (QM/MM) interface: implementation of Density Functional Theory (DFT) in the study of enzymatic mechanism of GTPases and ATPases." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
  • Íñigo Marcos Alcalde. "Dinámica Molecular del mecanismo enzimático de GTPasas implicadas en segregación cromosómica." / "Molecular Dynamics of the enzymatic mechanism of GTPases involved in chromosome segregation." (in progress / en proceso). Universidad Autónoma de Madrid.
Advanced Studies Diploma / Diploma de Estudios Avanzados:
  • Eduardo López Viñas. Universidad Autónoma de Madrid. 2004.
Master Diploma:
  • Fernando Martín García. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2010.
  • Jesús Ignacio Mendieta Moreno. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2011.
  • Íñigo Marcos Alcalde. Master in Biophysics. Universidad Autónoma de Madrid. 2011.
Popular science / Divulgación científica:
  • COMBACT extension: COMBACT conferences for secondary school students / Conferencias COMBACT para estudiantes de secundaria. 2007-2010.
    • IES Benjamin Rua (Móstoles, Madrid). Mar-2008.
    • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2008.
    • IES Los Rosales (Móstoles, Madrid). Nov-2008.
    • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Feb-2009.
    • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2009.
    • Colegio Virgen de Europa (Boadilla, Madrid). Feb-2010.
    • Colegio Fuenllana (Alcorcón, Madrid). Feb-2010.
    • IES Francisco Umbral (Ciempozuelos, Madrid). Dic-2010.
  • Colegio Altair (Madrid). Mar-2011.
  • IES Senda Galiana (Torres de la Alameda, Madrid). Mar-2011.
  • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). Jun-2011.
  • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Dic-2011.
  • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). Jun-2012.
  • IES Leon Felipe (Getafe, Madrid). May-2013.
  • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Abr-2014.
  • IES Los Castillos (Alcorcón, Madrid). Abr-2016.

  • Museo Nacional de Ciencia y Tecnología MUNCYT.Ciencia en primera persona: ¿Para qué sirve mi genoma?. 11-Jun-2017.
    Agenda MUNCYT Junio 2017 - PDF [Descargar]
Undergraduate courses / Asignaturas de licenciatura:
  • Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2005-2006).
  • Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2005-2006).
  • Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2006-2007).
  • Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2006-2007).
  • Farmacology and Molecular Toxicology. Biochemistry. Universidad Autónoma de Madrid (2007-2008).
  • Fundamentals of Bioinformatics. Biotechnology. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2007-2008).
Posgraduate courses / Cursos de doctorado y especialización:
  • Bioinformatics Course on Gene Identification and Protein Functional Analysis.  "Instituto Gulbenkian de Ciência". Oeiras, Portugal (2000).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2001". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2001).
  • Text queries: SRS, Entrez.  "Bioinformatics: Use of genetic databases in plant breeding". International Centre for Advanced Mediterranean Agronomic Studies. Zaragoza (2001).
  • "Bioinformatics". Ph.D. course.  Microbiology area. Universidad de Leon. Spain (2001). 
  • Doctorado: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universidad de Barcelona (2001).
  • Bioinformatics Course FVi2001. University Center "Francisco de Vitoria". Madrid (2001).
  • Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2001).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2002". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2002).
  • I3P course: Protein modelling. Centro Nacional de Biotecnologia. Madrid (2002).
  • Ph.D. Course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2002).
  • Integrative Bioinformatics. "Introduction to Bioinformatics". Universidad de Salamanca (2002).
  • Sequence alignment. Motifs, profiles and domains. "Theoretical and Practical course on Bioinformatics".  ALMA Bioinformatica.  Madrid. (2002).
  • Bioinformatics: DNA analysis. Universidad de Leon (2002). 
  • Prediction of protein structure and function. Cursos de Verano de El Escorial (2002).
  • Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2002). 
  • Bioinformatics: Protein analysis. Universidad de Leon (2002). 
  • Analysis and Comparison of Genes and Genomes. VI Master Biotecnology. Univ. Autónoma de Madrid (2002).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2003". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2003).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics: Analysis of Genomes and Proteins Structure. Universidad de Leon. Spain. (2003).
  • Master in Bioinformatics and Computational biology. Coordinator. Universidad Complutense de Madrid (2003).
  • Ph.D. Course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2003). 
  • II Theoretical and Practical course on Bioinformatics. ALMA Bioinformatica.  Madrid (2003).
  • SemBioGen 2003. Seminar: Bioinformatics for Genetics. Universidad de Zaragoza (2003). 
  • Specialist in Bioinformatics: Genomics and Proteomics. Fundacion General de la Universidad Complutense. Madrid (2003). 
  • Predicción de estructuras e interaciones entre proteínas. JBI-2003. La Coruña (2003).
  • Protein Structure and Function. EuroLab course: Advanced Computing in NMR Spectroscopy. Florencia, Italia. (2003).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics. "BioInfo2004". Faculty of Sciences. Universidad Autónoma de Madrid. Spain. (2004).
  • Ph. D. Course on Bioinformatics: Analysis of Gene Sequence and Expression Data. Universidad de Leon. Spain. (2004).
  • Analisis de datos de expresion genica.  DNA arrays. Centro de Biologia Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2004).
  • Ph.D. course: Eines informàtiques per a Genètica Molecular. Universitat de Barcelona (2004).
  • Doctorado: Predicción de estructura de proteínas. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas. Madrid (2004).
  • Prediction of Protein structure.Homology modeling. Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2004). 
  • Bioinformatica y Biologia Computacional. Escuela Complutense de Verano. Madrid (2004).
  • Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2005).
  • Ph. D. Course: Análisis bioinformático de secuencias y expresión de genes y genomas. Universidad Autónoma de Madrid (2005).
  • Alineamiento de secuencias y modelado de proteínas. Centro de Biologia Molecular "Severo Ochoa". Madrid (2005).
  • Bioinformática:  Introduccion a la predicción de estructura de proteínas e interacciones proteína-ligando. Universidad de León. Spain (2005).
  • Bioinformatics Course FVi2005. University Center "Francisco de Vitoria". Madrid (2005).
  • Bioinformática. Análisis y predicción de estructura de proteínas. Nodo50. Madrid (2005).
  • Bioinformática. Dto. Farmacología y Fisiología. Facultad de Medicina. Universidad de Zaragoza (2005).
  • Bioinformática. Curso: Genómica y Proteómica. Hospital Gregorio Marañón. Madrid (2005).
  • Análisis de secuencias y estructura de proteínas. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CNIO. Madrid (2005).
  • Anotación de secuencias de genes. Bases de datos. Gene Ontology. INBIOTEC - Universidad de León. Spain (2005).
  • Eines per a l'anàlisi de seqüències i estructures de proteïnes. Universitat de Barcelona (2005).
  • Bioinformática: Genómica y Proteómica. Escuela Complutense de Verano. Univ. Complutense de Madrid (2005).
  • Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2006).
  • Biotecnología y  Bioinformática. Universidad de León. Spain (2006).
  • Estructura de proteínas: modelos teóricos. Centro Nacional de Investigaciones Oncológicas CNIO. Madrid (2006).
  • Bioinformática. Estructura y función de proteínas. Facultad de Medicina. Universidad de Zaragoza (2006).
  • Eines per a l'anàlisi de seqüències i estructures de proteïnes. Universitat de Barcelona (2006).
  • Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2007).
  • Biotecnología y  Bioinformática. Universidad de León. Spain (2007).
  • Bioinformática. Estructura y función de proteínas. Universidad de Zaragoza (2007).
  • Eines per a l'anàlisi de seqüències i estructures de proteïnes. Universitat de Barcelona (2007).
  • Bioinformática. Análisis computacional de secuencia y estructura de proteínas como herramientas para el diseño de fármacos. UAM (2007).
  • Curso básico de Bioinformática. BIOMOL-INFORMATICS SL. Madrid (2007).
  • Bioinformática. Master en Biofísica de la Universidad Autónoma de Madrid, 2007-2008.
  • Ph. D. Course: Bioinformática: análisis y predicción de secuencia y estructura de proteínas. Universidad Autónoma de Madrid (2008).
  • Biotecnología y  Bioinformática. Universidad de León. Spain (2008).
  • Bioinformática. Estructura y función de proteínas. Universidad de Zaragoza (2008).
  • Master de Recerça Basica en Odontologia i Biomedicina. Universitat Internacional de Catalunya. Barcelona (2008).
  • Introducción al Diseño Molecular 3D de Proteínas. Instituto de Salud Carlos III (2009).
  • II-Master de Recerça Basica en Odontologia i Biomedicina. Universitat Internacional de Catalunya. Barcelona (2009).
  • Bioinformática. Estructura y función de proteínas. Universidad de Zaragoza (2009).
  • Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Institut Català de Ciències Cardiovasculars (ICCC), Barcelona (2009).
  • Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Hospital Universitario Ramón y Cajal, Madrid (2009).
  • Master en Investigacion Biomédica Traslacional. Universidad de Córdoba (2010).
  • Genómica aplicada a la Medicina Clínica (Bioinformática y Biomedicina). Hospital Universitario La Paz, Madrid (2010).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2011).
  • Diseño Molecular 3D de Proteínas. Instituto de Salud Carlos III (2011).
  • Fundamentos de Bioinformática. Centro de Investigacion y Tecnologia Agroalimentaria. CITA - DGA. Zaragoza (2012).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2012).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2013).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2014).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2015).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2016).
  • Bioinformática. Master en Terapias Avanzadas e innovación Biotecnológica. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2016).
  • Bioinformática. Master en Virología. Universidad Complutense de Madrid (2017).
  • Bioinformática. Master en Terapias Avanzadas e innovación Biotecnológica. Universidad Francisco de Vitoria, Madrid (2017).
BIOWEB: MOLECULAR MODELLING GROUP
Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa" (CSIC-UAM).
http://www.cbm.csic.es/bioweb
C/ Nicolás Cabrera, 1. Campus UAM, Cantoblanco.
28049 Madrid. Spain
Tel: (+34) 91 196 4662 / 4663
Fax: (+34) 91 196 4420
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